Das 1947 gegründete Gymnasium der Benediktiner hat derzeit 500 Schülerinnen und Schüler, die von 40 Lehrern in 20 Klassen und 2 Qualifikationsjahrgängen unterrichtet werden. Das Johannes-Nepomuk- Gymnasium ist ein sprachliches Gymnasium mit der Sprachenfolge Latein – Englisch – Französisch oder Englisch - Latein - Französisch. Seit dem Schuljahr 2011/12 besteht ein musischer Zweig, ebenso eine offene Ganztagesschule.
Mit Beginn des Schuljahres 2025/26 hat der Freistaat Bayern in den Gebäuden des Klosters Rohr das Staatliche Gymnasium Rohr gegründet. Aktuell besteht dieses für die Klassen 5-8 im naturwissenschaftlichen, musischen und sprachlichen Zweig. Pro Schuljahr kommt eine Jahrgangsstufe hinzu.
Parallel dazu wird das kirchliche Gymnasium sukzessive abgebaut.
